I Japansk historie, der var tidspunkter, hvor herskere begunstiget udbredelsen af Kristendommen, og perioder, hvor der er importeret fra udlandet creed var i unaade, og hans tilhængere havde været grusom. I XV og XVI århundrede, Kristendommen bredte sig hurtigt i den Øer i øgruppen, men i slutningen af det sekstende århundrede var forbudt, og folk i Japan praktiseret det i det skjulte. Beboerne i Nagasaki var tvinges hvert år til at bevise, at de ikke er Kristne. For dette, tilbød de at lade hånt billede af Jesus Kristus og Guds Moder, og dette ritual, at de var nødt til at gå til midten af det nittende århundrede. Generelt, Kristendommen blev forbudt i Japan for to og et halvt århundreder i løbet af denne tid blev henrettet, tortureret eller deporteret tusindvis af mennesker, der påstod at denne religion.

Februar 5, 1597 i Nagasaki blev offentligt henrettet for missionerende aktivitet, 26 mennesker, herunder 20 Japansk, fire Spaniere, samt Mexicanske og Indiske. Ved kendelse af den regerende shogun Toyotomi Hideyoshi den anholdte Kristne blev tortureret og derefter bragt til Nagasaki og korsfæstet på krydser installeret på bakken af Nishizaka. Efter udførelsen af martyrer kom til at blive æret som helgener, og i erkendelse af, at de har en bred vifte af vidunderlige handlinger. Hundrede år efter deres canonization i 1962 på bakken har åbnet et monument og Museum. Den 6. februar, den Katolske Kirke i Japan fejrer deres hukommelse.

I indsamling af Museum indeholder vigtige historiske dokumenter, der er bragt fra Europa og i Japan, kunstværker af den tidlige periode af Kristendommen i Japan. Eksponering i kronologisk rækkefølge sætte besøgende med den periode, den tidlige Kristendom, og til tider er forfølgelse af de Kristne og de hemmelige liv af Katolikker i den periode af isolation.

I øjeblikket Kristendommen er den tredje store religioner i Japan, efter at Buddhismen og Shinto. I begyndelsen af XXI århundrede var der omkring 2, 5 millioner Kristne, mest Katolikker.