Church of Maria Magdalene er beliggende i bydelen södermalm. Kirkens historie går tilbage til år 1350, da kong Magnus Eriksson med tilladelse af Pave Clement VI bygget et kapel og dedikerede det til Maria Magdalene. Udseendet af bygningen i disse år er dårligt dokumenteret, og kun bevarede kobber gravering viser kapel som en lille bygning med et stort tårn toppet med en spids finial.

I begyndelsen af 1520-erne Gustav Vasa befriet Stockholm, og hans tropper under ledelse af Peder Fredagen og slog lejr i kapellet, men de led store tab, når de danske tropper af Christian II angrebet dem fra byen. Denne begivenhed kan have været en af de vigtigste grunde til, at Gustav Vasa ødelagt alle de kirker, klostre og kapeller, der omgiver byen, efter indførelsen af Protestantismen i 1527, herunder kapel af Maria Magdalene. Men hans søn, kong johan III, begyndte opførelsen af et nyt tempel på stedet af kapellet i 1588. Men hans død i 1592 afbrudt igangværende arbejde, og Kirken forblev ufærdige indtil 1634.

Arkitekten Nicodemus Tessin Tessin den Ældre og den Yngre overtog byggeriet, og Kirken blev opført i Barokstil. Spiret, som blev betragtet som den smukkeste i Stockholm, blev ødelagt i en brand i 1759, hvilket også ødelagt 300 andre bygninger i området. Carl Johan Cronstedt var bestilt til at genoprette Kirken, og hans projekt blev afsluttet i 1763. Han beholdt meget af det oprindelige design. Restaurering af Kirkens indre af Maria Magdalene blev afholdt i 1927, det blev installeret, og den første, den anden blev tilføjet i 1986.