Overfor hovedindgangen til Fortezza ligger det Arkæologiske Museum i Rethymno. De genstande, der er udstillet i Museet repræsenterer regionens historie fra den yngre Stenalder, indtil den Romerske periode. Udstillingen er præsenteret i kronologisk rækkefølge.

Det arkæologiske Museum i Rethymno blev grundlagt i 1887. Siden 1991 Museet er placeret i opbygningen af den tyrkiske Bastion. Godt befæstet, tjente bygningen som en ekstra beskyttelse for de vigtigste indgang til fortet. Indtil 1960'erne, blev bygningen brugt som statsfængsel. Tidligere, Museet havde til huse i Venetiansk Loggia.

Museets udstilling er omfattende og meget forskelligartet. Præsenteret på Museum: en stor samling af keramik, skulpturer, figurer, forskellige begravelses artefakter, smykker, husgeråd, Romerske lamper, sten-produkter, værktøjer og meget mere.

Blandt de mest interessante udstillinger på Museet omfatter slutningen af Minoiske grave, terrakotta figurer, hjelm Minoiske tid, print fra Monastiraki, sten smykker på Gerani hule. Bemærkelsesværdige artefakter såsom Romersk kopi af statuen "Store herculano" fra den gamle by Eleftherna, en marmor-statue af Afrodite (1. århundrede F.KR.), den Minoiske statuette af retfærdighedens gudinde med hævede hænder, blev fundet i Panchaloha (1320-1200 F.KR.), leder af den kvindelige terrakotta figurer fra AXOS (530 F.KR.). Af særlig interesse er også en fremragende samling af mønter fra forskellige perioder og regioner, herunder mønter præget i Knossos. På Museet kan du se en marmor begravelses stele med billedet af en kriger, som er fundet i Eleftherna, som stammer fra anden halvdel af 6. århundrede F.KR marmor sarkofag, der skildrer mytologiske scener I-III århundrede F.KR.

En rig samling af Arkæologiske Museum vil ikke forlade ligeglade, selv de mest erfarne elsker historie.