Det arkæologiske Museum i Agios Nikolaos ligger på den Nordlige del af søen Voulismeni på Paleologos street, 74, et par minutters gang fra byens centrum. Museet blev grundlagt i 1970 og har en rig samling af arkæologiske fund af Amtet i Lasithi.

Den redegørelse er holdt i otte haller, og dækker et stort historiske periode fra den Neolitiske periode, indtil den Romerske æra. Museets samling omfatter keramik, sten-produkter, skulptur, figurer, husgeråd, en bred vifte af begravelses artefakter, guld smykker, bronze og elfenben, sjældne udstillinger fra børns grave, og meget mere.

Den mest imponerende udstilling af Museet er kraniet af en ung mand, blev fundet i en Roman kirkegård i Potamos, nær byen. Kraniet stammer fra den 1. århundrede e.kr., og kronet med en Gylden diadem i form af oliven-blade. I munden af kraniet var en sølvmønt af byen Polyrinia (Vestlige Kreta), som var dateret til den periode af den Romerske Kejser Tiberius. Mønt, ifølge den gamle tradition, blev dommen af bæreren af sjæle, at Charon i underverdenen Hades over floden Styx.

Af særlig interesse er de artefakter, der er fundet under udgravningerne af den Minoiske kirkegård i Agia fotia. Det er en forhistorisk kirkegården, hvor det blev konstateret, 260 Minoiske grave, er den største arkæologiske område af Kreta. Her findes 1600 forskellige fartøjer lavet uden brug af drejeskive, og i dens stil er magen til Cykladisk kunst.

Museet har også fund fra den Minoiske afvikling af Myrtos, hvoraf de mest betydningsfulde er betragtet som "Gudinde Myrtos" - et skib i form af en kvindelig figur. Museet viser også artefakter fra Minoan Palace of Malia, herunder et storslået sten fartøj i form af en Triton shell.

Arkæologiske Museum i Agios Nikolaos er en af de vigtigste museer på øen Kreta.