Oprindeligt på stedet af de Ajuda Paladset var en træbygning, der er bygget til den Kongelige familie, der har besluttet at flytte her efter jordskælvet i 1755. Denne bygning blev også kaldt "de Kongelige shack" eller "Træ-slottet". En brand ødelagde det i 1795, og i stedet blev der bygget en sten Palace.

Bygningen er blevet opført under ledelse af arkitekt Manuel Siteno de Souza, der havde planlagt at gøre det i stil med sene Barok - Rokoko. Senere opførelse blev fortsat af arkitekterne josé da Costa og Francisco Xavier Fabri, men bygningen, der blev bygget i nyklassicistisk stil. Byggeri fortsatte indtil 1807, og blev ikke færdig. Slottet var besat af Napoleons tropper, og den Kongelige familie blev tvunget til at forlade Portugal og tage tilflugt i Brasilien. Byggeri fortsatte langsomt, nogle gange stoppede, udseende Palace har varieret i betragtning af den kendsgerning, at der i hver enkelt fase af byggeriet var der en anden arkitekt. I 1826 Slottet igen blev Kongelig residens. I 1910 blev Slottet lukkede efter proklamationen af Republikken og åbnet som Museum i 1968.

Museet rummer en fantastisk samling af kunstværker, startende fra det FEMTENDE til det tyvende århundrede. Alle værelser er indrettede med møbler i Louis XV, gobeliner og statuer. I Paladset en masse ekstravagante dekorative kunstgenstande. Sådan en overflod af luksus, var resultatet af hidtil uset rigdom i det attende århundrede, da der for første gang i den Brasilianske diamanter blev opdaget. En fantastisk Udestue, en balsal, et rum af Ambassadøren, og vores Banket og Trone haller.

Stadig, og Slottet blev anvendt af den portugisiske regering for hosting officielle ceremonier.