Kirken San Sebastian er beliggende på en bakketop, tæt på fiskemarkedet, i den Nordlige del af den gamle by Lagos. Dette sted byder på fantastisk panoramaudsigt over Bugten. Kirken regnes for en af de ældste og smukkeste kirker i byen.

Selv før Kirken blev bygget på dette sted i 1325 var der et kapel for den Ubesmittede Undfangelse af jomfru Maria. I 1463 Biskop af são joão vieira de Mello har bidraget til det faktum, at der på dette sted en Kirke blev bygget. I 1490 ved kendelse af kongen af Portugal, må são joão II, blev igen foretaget genopbygning arbejde, og Kirken blev udvidet. Efter denne Kirke blev indviet som Kirke San Sebastian (San Sebastian-Kirken). Desværre, som det er sket med mange historiske bygninger i Portugal, Kirken var næsten ødelagt i Lissabon-jordskælv i 1755. Kirken blev restaureret, og to århundreder senere, Kirken blev igen ødelagt af et jordskælv, der fandt sted i 1969. Over tid, var Kirken igen restaureret.

Inde i Kirken af tre skibe, der er adskilt af Doriske søjler. Den oprindelige hovedalteret i Kirken kan dateres tilbage til det XVI århundrede. Alteret består af fire paneler. Det antages, at disse paneler er skabt af en af de mest berømte kunstnere i Algarve i det sekstende århundrede Alvaro Dias. Kirken holdt den gamle plan af byen. I 1828 blev det knyttet til Kirkens tårn med bell.

I 1924 Kirken San Sebastian var opført på listen over monumenter af national betydning.