I 1647 byen Eisenstadt var under reglen om den fyrstelige hus Esterhazy, der havde en stor indflydelse på byen og ført til positive ændringer. I 1648 af Kejser Ferdinand III Eisenstadt blev en fri by ved at betale genkøbsprisen i mængden af 16,000 gylden og 3.000 tønder af vin. I 1670 Paulus jeg lov til at bo i Eisenstadt og seks i bosættelser på 3.000 Jøder, der blev fordrevet fra Wien. Rabbi af byen var Samson Wertheimer, som i sig selv blev begravet på den gamle Jødiske kirkegård.

Der er behov for på kirkegården. Så var der den gamle Jødiske kirkegård i det 17. århundrede i nærheden af det Jødiske kvarter. Den gamle kirkegård var i drift fra 1679 til år 1875 og bestod af omkring 1140 gravsten kun med inskriptioner på hebraisk. På grund af begrænset plads, nær den gamle kirkegård blev skabt nye. Den nye kirkegård var i brug siden 1875.

Under den Nazistiske besættelse af begge kirkegårde blev delvis ødelagt, og de gravsten blev brugt til opførelsen af barrieren omkring byen. Efter 1945, at kirkegården blev renoveret og dens monumenter blev sat på plads. I 1992, en ny kirkegården har været udsat for hærværk: omkring 80 gravsten blev skændet med Nazistiske symboler.

Kirkegård i Eisenstadt adskiller sig fra andre af oldtidens Jødiske kirkegårde manglende vegetation. Men det har en stor lighed i form og udseende med Wien-kirkegården. Dette er fordi de første bosættere var Wiener-emigranter. Før indgangen til den gamle kirkegård blev foretaget ved hjælp af smukke halv-cirkulær metal gates, men på nuværende tidspunkt har de ikke overlevet. Begge kirkegårde er åbne for offentligheden.