En gammel legende fortæller, at i 1364 litauiske adelsmand ved navn Gostautas, har inviteret 14 Franciskanske munke og gav dem et hjem, så de kunne bosætte sig i landet. Når Gostautas venstre, alle munke blev dræbt. Nogen tid senere, den adelsmand inviteret andre Franciskanske munke. Nye munke han boede et andet sted, og det sted, den myrdede munkene han havde bygget en Kirke, opkaldt til ære for det Hellige kors.

I 1524, Kirken brændte ned. I 1635, på dette sted boede præsterne bonifati. De startede deres aktiviteter, der er bygget en ny Kirke, Hellig kors, der blev grundlagt i nærheden af klosteret af samme navn, og åbnede i kloster og hospital. Senere hospitalet blev omdannet til et hjem for psykisk syge. Kirken Gostautas var forbeholdt den monastiske lokaler. Psykiatrisk hospital, der drives her indtil 1903, hvor han blev overført til nye bygninger bygget specielt for psykiatriske hospitaler.

I 1737 blev Kirken igen brændte. I 1748 Kirken blev restaureret, blev fuldstændig renoveret interiør, var arrangeret i seks altre har de nedbrudt, og der blev installeret i Kirkens prædikestol, som er bygget i Barok stil. Også i Barok stil af facade og bygningen af klostret. Selv efter denne genoprettelse, det ydre af bygningen viste sig og Rokoko elementer. Inde i templet står majestætisk på en stor sten korsformede buer. Interessant kombination af arkitektoniske elementer af Barok, Rokoko og neo-Rokoko.

På tempelområdet er en fjeder, som er betragtet som et mirakel. Legender siger, at den kilde, der pludselig dukkede op i nærheden af statuen af den Ubesmittede Undfangelse. Dette er det sted, hvor han blev tortureret ihjel, munke, Franciskanerne. Især gavnligt vand på patienter, der lider af øjensygdomme.

I Kirken er der en mirakuløs korset, som er monteret over hovedalteret. Under korset er billedet af den hellige jomfru Maria med barnet. Formentlig, billedet er malet i det 17. århundrede, men den autentiske oprindelse af maleriet er ukendt. Hun er også rangeret som mirakuløse kreationer. Kopi af det mirakuløse maleri af den hellige jomfru Maria og barnet, i form af kalkmalerier kan ses på de vigtigste facade af Kirken. Det er under en buet gavl, der blev bygget i 1737 mellem de to side tårne i Kirke.

Mellem 1914 og 1924, Kirken havde en særlig service for elever i litauisk skoler. I løbet af den periode, hvor Vilnius var besat af Polen, ikke i Kirken, blev gennemført i de litauiske sprog.I 1843 Guds Orden blev afskaffet, og de Hellige var kun deres repræsentation. I 1909 blev Kirken repareret igen. I slutningen af Første verdenskrig, i 1924, Biskop Jurgis Matulaitis blev inviteret af Gud til at vende tilbage til det kloster på Holy cross. Munkene vende tilbage til klostret, var meget belejligt. De reparerede den Kirke, opført i seks altre. De har også organiseret i den Hellige bolig tilflugt til ældre og suppe køkken for de trængende "Caritas".

I begyndelsen af Anden verdenskrig og de to brødre fra Vilna blev trukket tilbage, i Guds orden. I 1947 klostret i læ søstre i menigheden af den Ubesmittede Undfangelse af den velsignede jomfru Maria". Men de dominerede her et stykke tid. De Sovjetiske myndigheder lukkede i 1949, kloster og tempel. I bygninger klosteret var beliggende lejligheder.

I 1976, templet blev restaureret og anbragt det i koncertsalen i Vilnius Philharmonic, den såkaldte "Lille hal af den Barokke". Der var koncerter for orgel musik.

Vilnius Ærkebispedømmet modtaget deres bygninger lige efter ændring af regimet i 1990. Kirken og klosteret bygninger er blevet restaureret, helliget og sendt igen til nonnerne i forsamlingen af søstrene af den Ubesmittede Undfangelse af den velsignede jomfru Maria".