Det første Universitet i pécs dukkede op i 1367, en af de ældste i det Centrale Europa, kong Louis den Store, hun gik under under den tyrkiske besættelse. I 1921, tidligere ungarske Universitetet i Bratislava. Bratislava, den ungarske : Pozhon ) er flyttet til pécs, det rezultata Janus Pannonius Universitet ( Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE ).

Det første Universitet i pécs blev grundlagt af Louis i af Ungarn i 1367. Efter at have eksisteret som en samlet pædagogisk center i flere årtier, i midten af det 15 århundrede blev det delt i to skoler af retspraksis og teologi. Under den tyrkiske besættelse, Universitetet blev lukket, og åbnet dørene kun i 1785, da Joseph II flyttede Royal Academy i györ i pécs. I 1802 Royal Academy tilbage i györ ved kendelse af Frans i, og på højere læreanstalter i pécs var ikke indtil 1833, da Biskop pécs i regi af Senatet grundlagt i pécs Academy med fakulteter for jura og filosofi.

Den moderne University of pécs, blev grundlagt i 1912 og var oprindeligt placeret i Pozhon (i dag er Bratislava). Efter Første verdenskrig Pozhon var aneksiroval fra Ungarn, og i 1921, Universitetet flyttet til pécs, hvor han stadig den dag i dag. I 1951 det sundhedsvidenskabelige fakultet blev adskilt, og indtil 2000, var en særlig institution. I 1982 modtog Universitetet navnet Janus Pannonius. Den nuværende University of pécs, blev grundlagt den 1. januar 2000 ved en fusion af Janus Universitet Pannonia, Medicinsk Universitet og seminarium.