Det Jødiske Museum er i hus Wertheimer, historisk bygning, som er opkaldt til ære for en ungarsk Rabbi Samson af Wertheimer (1658-1724). Det afgørelse på grundlag af det Jødiske Museum i Eisenstadt blev taget i 1969 på forum for Institut for Jødiske studier ved Universitetet i Wien. Museet blev åbnet tre år senere, i 1972.

Det Jødiske Museum er beliggende i et område på næsten 1000 kvadratmeter og er opdelt i flere haller.

Mens man besøger Museet kan man se den private synagogen, som ligger på første sal i bygningen. Dette lille synagoge er en af de få, der ikke lider under "Crystal night" eller "Night of broken glass") i November 1938. Det var det første store angreb af Nazisterne på Jøderne. Den nat, en masse bølge af Jødiske pogromer i det område af det Tredje Rige blev ødelagt 267 synagoger, dræbt 91 Jøder, hundreder såret og lemlæstet, og tusindvis har været udsat for ydmygelser og fornærmelser, mere end 30 tusinde blev sendt til koncentrationslejre.

Desuden byder Museet på at stifte bekendtskab med dens permanente udstilling, der giver en omfattende dækning af Jødisk liv og historien om Jøderne i Burgenland. I slutningen af udstillingen er imponerende memorial hall, der er etableret til minde om de syv kendte Jødiske samfund i Burgenland.

Desuden har Museet et bibliotek, der indeholder mere end 10.000 bind. Nogle af bøgerne er med i den permanente udstilling på Museet, i Almindelighed, er disse bøger af det 18 århundrede. Hertil kommer, at biblioteket har en stor samling af faksimile-udgaver af kendte bøger. Fortjener særlig opmærksomhed, er en værdifuld samling af bøger på Jiddisch.

Museet er beliggende i bydelen Unterstadt (Nedre By), hvor han i 1670 afviklet omkring 3.000 Jøder fordrevet fra Wien. Nær Museet er to gamle Jødiske kirkegård.