Når de spanske koloniale tropper begyndte erobringen af Peru, by Cuzco var en af de djævelske magt i Inka-riget. Dens indbyggere er heftigt forsvaret, to gange for byen gik fra hånd til hånd, før Inka-i 1536 trak sig tilbage. Den Katolske Kirke har taget meget alvorligt opførelsen af Katedralen i sådan en vigtig koloniale by i regionen. Katedralen i Santo Domingo, som også kaldes Domkirken Santa Maria Assunta, blev bygget med omhu og sans for detaljer, mens byggeri fortsatte i over et århundrede. I dag Katedralen er en af de vigtigste og mest populære turist destinationer i Cuzco, og på grund af dens betydning i byens historie, og på grund af sin smukke arkitektur.

I ankomsten af spanske erobrere, i Cusco de vigtigste og mest synlige Kirke i byen var Koricancha templet, der er dedikeret til solguden Inti. Mange historikere mener, at dette tempel var den mest hellige til Inka-Imperiet. Spanierne besluttede på stedet af templet af Inkaerne at bygge sin Domkirke, og brugte en stor del af byggematerialer at undersøge Koricancha templet. I dag besøgende kan stadig se en lille mængde af den ødelagte vægge i templet af Inkaerne i nærheden af bagsiden af Katedralen.

En lille Kirke, der er kendt som Kirken i Triumf, blev bygget i 1536, kort efter at byen blev erobret. Men så snart de spanske myndigheder på disse områder, der blev etableret i byen og begyndte at bygge en langt mere storslået og imponerende Katedral. De planer blev udarbejdet af den spanske arkitekt Juan-Miguel-de Veramendi. Domkirken blev bygget i Gotisk og Renæssancestil, der blev typisk for spansk religiøs arkitektur i denne tid. Selv om der er nogle tegn på tilstedeværelsen af Inca indflydelse i den religiøse symbolik af bygningen, herunder lederen af en Jaguar på hoveddøren til Domkirken. Opførelsen af Katedralen begyndte i 1559. Størstedelen af befolkningen af Inkaerne blev brugt til at udføre tungt arbejde i opførelsen af templet.

Gennem århundreder Katedralen er blevet hjemsted for flere vigtige religiøse artefakter, herunder den berømte statue af den Sorte Kristus, som er mørkt med lys i flere århundreder. Det menes, at denne statue hjulpet Kirken med at overleve og for at overleve efter et ødelæggende jordskælv i 1650. På højre tårn på Katedralen er en stor klokke Maria Angola bell, over 2 meter høj, vejer omkring 6 tons. Dens ringetone kan høres på afstand af tyve miles. Katedralen huser en imponerende samling af kunst, der spænder over flere århundreder, herunder malerier 1650, som er den ældste i byen.