Arkitekturen i synagogen Ben Ezra ikke adskiller sig fra standard og optimering af den Koptiske kirker. Dette skete, fordi den bygning, der oprindelig var Kirken, men i slutningen af X-tallet Kaliffen Hakim lukkede Kirken. I nyere tid er den bygning, der er købt af det Jødiske samfund, som på det tidspunkt var en stor del af det Egyptiske samfund. Synagogen blev opkaldt efter Rabbi af Jerusalem, Abraham Ben Ezra.

Berømte synagoge, der i det XIX århundrede, under reparation, blev det opdaget en guldgrube af tusindvis af dokumenter af XI-XII århundrede.
For nylig, synagogen blev restaureret.