Museum of Andean helligdomme blev etableret i 1996, efter at en vigtig arkæologisk forskningsprojekt "Helligdomme højde Sur Andino", ledet af Dr. Johan Reinhard og Jose Antonio Chavez. Museet er frosset "the mummy Juanita" og andre emner af Inka kultur.

De undersøgelser, der er gennemført ved det Katolske Universitet i Santa Maria for fire årtier i det område, Arequipa, har givet mange arkæologiske artefakter, som nu er udstillet i syv haller af Museet. Den verdens berømte mumie Juanita, pigen i ice" med hendes medgift er en af de mest berømte udstillinger på Museet, som kan ses fra 1 maj til 31. December hvert år. De resterende fire måneder af Juanita er i komplet mørke, for bedst bevarelse af den frosne krop af en pige (hendes krop har ikke været udsat for den proces, mumificering). Juanita, også kendt som Lady Ampato, blev fundet i 1995, på skråningerne af vulkanen Ampato i en højde af 5800 meter over havets overflade. Radiocarbon undersøgelse Juanita viste, at hun var 530 år, det nøjagtige tidspunkt for begravelse – 1466 e.kr.

Museum kan de besøgende også se de udstillinger, lavet af træ, metal, tekstiler, guld og keramik, der blev brugt i ceremonier af Inca Capac Koch, Viracocha, samt guld og keramik figurer, velbevarede tæpper.

I øjeblikket forskningscenter UCSM ved det Katolske Universitet i Santa maría de Arequipa har 6 særlige fryser, med en temperatur på 26°C under nul, og to særudstilling kabine med at opretholde en sådan temperatur og computer kontrol af operatøren. Også på Museet, der er installeret aircondition til konservering af arkæologiske materialer.