Universitetet i Zagreb er den ældste ikke kun i Kroatien, men også i Syd-og Østeuropa. Datoen for den officielle grundlagt 23 September 1669, da den Romerske Kejser og ungarsk, kroatisk kong Leopold jeg udstedt en lov, der anerkender privilegier og status af Universitet uddannelsesinstitutioner tidligere Jesuit Academy, som drives på det område af den gratis Royal byen Zagreb, den tidligere hovedstad i Kongeriget Kroatien og Slavonien. Denne dato er den tidlige historie ved Universitetet i Zagreb i sin kamp for gennemførelse af de rettigheder, der er modtaget og få en værdig plads blandt det anerkendte og prestigefyldte universiteter og akademier i det Centrale Europa.

Den historie fra University of Zagreb i sin moderne form begynder med initiativer gykovskogo Biskop og en fremtrædende kroatiske velgører Josip Juraj Han, da han i 1861 foreslog at organisere sig i Universitetets fire fakulteter: den medicinske, den teologiske, filosofiske og juridiske. Forslaget blev overvejet i flere år, og i 1874, det kroatiske Parlament vedtog initiativ og udstedte et dekret "Om Universitetet". I samme år, Universitetet har ændret navn og blev kendt som den Moderne University of Zagreb.

Siden 1990-erne, Universitetet havde fået større autonomi, på samme tid begyndte de tiltrædelse til Bologna-processen.