Sankt Sophia-Kirken blev bygget i midten af det syvende århundrede på ruinerne tre gange større langs længden af den tidlige Kristne Basilika, og i den Byzantinske periode var omgivet af mange bygninger som religiøse og administrative formål. Siden 1585, Kirken blev en moské, men blev re-indviet som Kirke i 1912.

Historiske og arkæologiske fund tyder på, at der i skibet, og i den sydlige del af kolonnaden af templet i St. Sophia blev begravet storbyområder i Thessalonika, for eksempel, Grigorios Catalis og Konstantin Mesopotamicus.

Kirkens indre er udsmykket med talrige mosaikker og freskoer af IX-X århundreder. Fresco af "Himmelfart" pryder kuplen af Kirken.