Kirken San Pedro de Atacama ligger i enslydende torv i byen. Det er en vigtig arkitektonisk vartegn og en af de ældste kirker i landet.

Der er dokumenter, der viser, at i 1557, var et kapel, der fungerede som præst don cristobal díaz de Los Santos. Den nuværende Kirke blev bygget på stedet af et kapel går tilbage til år 1745. Der 41 m i længde og 7 5 m i bredden, Kirken San Pedro de Atacama, ligner et stort skib, på mirakuløs vis fandt sig selv i Atacama-ørkenen. I Kirken er et rummeligt skib, tværskib og yndefulde buer. Alteret i Kirken, sandsynligvis den eneste af sin art i Chile, lavet i Barokstil og er opdelt af kolonner i tre dele med nicher.

Fra Vest Kirken blev tårnet med fire klokker, bygget i 1782. Men i 1860, tårnet blev ødelagt. I slutningen af det nittende århundrede på dette sted blev der rejst et træ klokketårn, der blev erstattet af en sten i 1964, og i løbet af de næste genopbygning af Kirken.

Det vigtigste materiale, der blev anvendt i konstruktionen af Kirken, - sten og kalk. Alteret og buer, hugget ud af sten. Taget er stråtækt og vægge er pudset med kalkmørtel.

Kirken San Pedro de Atacama blev erklæret et nationalt monument af Chile i 1951.