Urakami-Katedralen er en nøjagtig kopi af Katedralen, der stod næsten på dette sted, før den tragiske begivenheder i August 9, 1945. Den eksplosion af atombomben kastet over Nagasaki, der var fem hundrede meter fra templet. På tiden af katastrofen i Domkirken blev afholdt gudstjeneste, og alle de tilstedeværende medlemmer af menigheden blev dræbt. Fra Katedralen, der blev tilbage af muren, som blev aftalt at holde som påmindelser om den tragedie, der har fundet sted her. Andre fragmenter af bygningen er udstillet på Museet af atombomben i den nye Katedral, som blev åbnet i 1980.

Et andet navn for Kirken er Cathedral of the Immaculate Conception of the blessed virgin Mary. Før bombningen, blev han betragtet som den største Katolske Katedral i Syd-Øst Asien. I dag er det en Katedral i Ærkebispedømmet Nagasaki.

Beboerne i bydelen Urakami, som nu er indføjet i byen grænser Nagasaki, næsten alle bekendende Katolicismen. I perioden fra 1869 til 1873 Kristne, der lever i Urakami, er blevet retsforfulgt: 650 mennesker er omkommet, andre har forladt byen. I 1873 gik tilbage og begyndte opførelsen af en Katolsk Kirke. Templet blev bygget af røde mursten i Romansk stil og åbnede i 1925.

Efter Anden verdenskrig, city regering og Katolske Kristne Urakami har ikke været i stand til at finde en gensidigt tilfredsstillende beslutning om, hvor man skal begynde opførelsen af en ny Kirke. Repræsentanter for den Katolske Kirke insisterede på, at den nye Katedral skulle stå på samme sted, hvor den tidligere, i hukommelsen af dem, der blev forfulgt og dræbt af den forfølgelse af troende. Byens embedsmænd mente, at resterne af bygningen skal stå som bevis for de forfærdelige konsekvenser af atombomberne og udbydes til Domkirken en ny placering, lidt væk fra ruinerne af den gamle. Denne strid varede næsten to årtier. I dag resterne af den gamle bygning er inkluderet i memorial Peace Park.