Kirken Santa Cruz blev bygget af Jesuit munke i 1608 som sognekirke for Kinesiske indvandrere i Manila, og mange af dem accepterede den Kristne tro. Da Jesuitterne blev bortvist fra Filippinerne, er Kirken gået i besiddelse af de munke-Dominikanerne. Kirkebygningen er næsten to gange ødelagt af jordskælv og blev alvorligt beskadiget under det berømte Slag af Manila i februar 1945, som satte en stopper for næsten tre års Japansk besættelse.

Når i 1571, Manila blev erklæret hovedstad i det Filippinske øhav, blev det omdannet til et afbillede af en middelalderlige Europæiske byer med kirker, paladser og rådhuse bygget i den spanske Barok stil. Den nuværende bygning af Kirken Santa Cruz, blev renoveret i 1957, restaureret til sin oprindelige form. Men i sit tårn du kan se spor typiske Asiatiske arkitektoniske stil. Alteret i Kirken ved første øjekast kan det synes lidt underspillet, men hans design belysning smukt.

Kirken Santa Cruz, som er beliggende i Plaza Lacson (tidligere Pladsen Goyte), tæt på den berømte Springvand af Carriedo, bygget i 1882 til ære for "den største velgører i Filippinerne" Francisco Carriedo, der doneres 10 tusinde pesos for opførelsen af den første metro Manila vand-system.