Kirken San Miguel (San Miguel Kirke) blev bygget i 1630-erne i Manila i påskønnelse af den spanske Guvernør-General, som undgik døden under en militær kampagne. Kirken har også ydet støtte og bistand til Japanske Kristne, der flygtede fra forfølgelse under regeringstid af den feudale ordning af Tokugawa Shogunate. Da mange af disse flygtninge var samurai, der er soldater, Kirken blev indviet til Ærkeenglen Michael (eller St. Miguel på spansk), den store Martyr. Den nuværende Kirke, der er kendt for sin forbløffende symmetrisk klokketårne-tvillinger, der er bygget i den Europæiske Barok stil. Det ligger i nærheden af præsidentpaladset Malacanang og er en obligatorisk del af turens program. Foran Kirken er brudt op en dejlig lille område med tropiske træer og blomster og springvand, der passer godt med den religiøse struktur.