Museum for historie i Jakarta, også kendt som Museet Fatahillah eller Batavia Museum, der er beliggende i den gamle del af byen kaldes Kota Tua. Det skal bemærkes, at Kota Tua, også kendt som Gamle Jakarta eller Old Batavia, betragtes som en af de mest maleriske steder i Jakarta.

Den nøjagtige placering af Museet er den sydlige del af området Fatahillah (tidligere Batavia område), tæt på den berømte Museum ^ og Museum for kunst og keramik. Den bygning, som nu huser sin samling på Museum for historie i Jakarta, blev bygget i 1707 på stedet for det tidligere rådhus i det tidlige syttende århundrede, den store åbning fandt sted i 1710 – bygningen blev åbnet af Abraham van Riebeeck, Guvernør-General i hollandsk Ostindien. I første omgang bygningen fungeret som byens rådhus. Også her lå administrationen af den hollandske East India company, og senere regeringen (under den hollandske kolonisering). Inde i bygningen er meget smuk, værelser, hvoraf der er over 30, har en rig dekoration. Det er kendt, at i 1830 bygning i limbo var en national helt, Indonesien, Diponegoro, der organiserede den Javanesiske oprør mod det hollandske kolonisatorer.

Museum for historie i Jakarta blev åbnet to århundreder senere, i 1974. Museets samling indeholder artefakter (mere end 23 tusind), som vil fortælle om de forhistoriske periode af byen, dens grundlag i 1527, fortæller historien om byen i den hollandske kolonisering, som begyndte i det sekstende århundrede og varede indtil 1948, da Indonesien blev uafhængigt. Museets gæster kan se historiske kort, malerier, møbler og arkæologiske udstillinger lige fra forhistorisk tid i Indonesien. Museet ejer en rig samling af møbler af det XVII - XIX århundrede.