En anden attraktion af Cordoba, San Francisco Kirke, som hører til den såkaldte "ferdinandova" kirker", der er navngivet på grund af det faktum, at de var en af de første Kristne kirker bygget i Cordoba efter generobringen fra Maurerne af kong Ferdinand III. Når Kirken var en del blev bygget i det 13 århundrede kloster San Pedro El real. Klostret, der tilhører den Franciskanske religiøse samfund, var temmelig stor for sin tid og havde en stor indflydelse i det religiøse liv i byen. Det er kendt, at i det 17. århundrede levede der en hundrede munke, og den største af sin velstand og indflydelse i det 18. århundrede. Men i begyndelsen af det 19 under påbegyndelsen af Napoleonskrigene, blev klostret ødelagt, San Francisco Kirke mirakuløst overlevede.

Oprindeligt skabt i Gotisk stil, og i dag er bygningen af Kirken San Francisco kun delvist ligner den oprindelige struktur. I løbet af det 18 århundrede blev bygningen restaureret flere gange i sin facade der er mange elementer i Barok stil, som har ændret sig betydeligt, de middelalderlige udseende af Kirken.

I dag, Kirken San Francisco er ikke kun en af de ældste, men også et af de rigeste kirker i Cordoba. Her er desuden mange kulturelle værdier, der er opbygget siden den middelalderlige periode. Der er også en interessant samling af malerier af en Córdoba-kunstner af det 18 århundrede. Fortjener særlig opmærksomhed og smukke antikke møbler placeret i lokalerne i templet.