Opførelsen af den nye bygning af klostret Santa Clara i Coimbra blev grundlagt i 1649. Det gamle kloster, bygget i slutningen af det XIII århundrede, blev ødelagt, og det blev besluttet at opføre en ny bygning for nonner af rækkefølgen af St. Clare.

Projektet klosteret har udviklet en benediktinermunk og det Kongelige arkitekt Joao Turriano, byggeriet blev ledet af hofbygmester Mateus gøre Couto gjorde. Opførelsen af den nye bygning varede længe nok. I 1677, i den nye bygning af klosteret, der blev kendt som klosteret Santa Clara-a-Nova, kørte nonner. I 1696 indvielsen af templet.

Den største portal af Klosterets Kirke er prydet med det Kongelige våbenskjold, der understøttes af to engle. Det indre af templet er lavet i Barokstil. Kirken er et skib, tværskib mangler. Den sidekapeller og de vigtigste kapel er indrettet med 14 alteret billeder af det XVII århundrede, i stil med "Talia Dorada" - alteret malerier indrammet i udskåret og forgyldt træ. Hertil kommer, at et nyt kloster blev flyttet til graven, der indeholder asken af den portugisiske Dronning Isabel, foundress af dette kloster. Efter sin mands død, kong Dinis, Dronningen var i Coimbra-Santa Clara kloster, indtil hans død og blev begravet der. Derfor, blandt de lokale indbyggere for denne bolig er også kaldet kloster af Dronning Isabella. Graven, der indeholder asken lavet af sølv og krystal, er placeret tæt på de største alteret i Kirken. Før Kirken står en statue af Dronning Isabella, af billedhugger Antonio Teixeira Lopes i det nittende århundrede.

I 1733 på klosteret blev bygget klostre i Renæssance-stil. Opførelsen af disse gallerier, der blev ledet af den ungarske arkitekt Carlos Mardel.