Klostret blev grundlagt af Donna Maura Dias i 1280 for nonner af Clarissa. Klostret ikke længe, og i 1311, at han ophørte med at eksistere. I 1316 år, gift med kong Dinis jeg, Dronning Isabella portugisisk, restaureret kloster.

Dronning Isabella portugisisk kaldes "Holy Queen" på grund af hendes særlige fromhed og retfærdighed. Dronningen var også kendt for hans gode natur, grundlagt hospitaler, børnehjem og skoler. Efter sin mands død, kong Dinis, hun trak sig tilbage til dette kloster. Og i 1336, Dronningen døde, og blev begravet i kloster i den grav, som er indrettet i Gotisk stil. I 1626 Dronning Isabella blev kanoniseret for sin kærlighed og gode gerninger.

Den første arkitekt i kloster var Domingos Domingues, der er kendt for sit arbejde på gallerier i klostret Alcobaça. Fortsat arbejde med arkitekt, Estevao Dominguez, der var berømt for sit arbejde på gallerier af Katedralen i Lissabon. I 1330 indvielsen af templet, og senere til den sydlige del af Kirken blev tilføjet til klosteret. Klostret er meget ofte præsenteret kontante donationer og gaver. I begyndelsen af det sekstende århundrede, Kirken var pyntet med Sevilla-fliser og installeret nye altre.

For så vidt som klosteret og Kirken blev bygget på den venstre bred af floden Mondego, i det år bygningen blev oversvømmet, oversvømmet, og vandet i floden. Og i flere århundreder klostret har været oversvømmet mange gange. På grund af hyppige oversvømmelser i klostret var umuligt at opholde sig, og kong John IV ordre til at forlade bygningen og flytte til et nyt kloster - klostret Santa Clara-a-Nova, der er bygget på en bakke, nær den gamle bygning. Graven, der indeholder asken af Dronning Isabel og andre Kongelige personer, der var flyttet til den nye bygning.

Over tid, det gamle kloster i ruiner. I 1910 blev bygningen opført på listen over monumenter af national betydning, og nogle rekonstruktion arbejder blev udført i første halvdel af det tyvende århundrede.