Historien om Museet af Aquitaine i Bordeaux tager tæller i anden halvdel af det attende århundrede – fra det øjeblik Akademiet i Bordeaux blev grundlagt Museum for sten skulptur, som ligger resterne af den Romerske arv. Disse artefakter, der blev fundet under udgravningen arbejder i byområder, der er med jævne mellemrum gennemført i perioden fra den XVI, XVIII århundrede.

I 1963, den institution, som blev omdøbt til Museet for historie, arkæologi og Etnografi, og blev også kendt som "the Museum of Aquitaine". I 1987, flyttede Museet ind i den tidligere bygning af fakultetet for kunst og videnskab, som blev bygget i slutningen af XIX århundrede på stedet af klosteret, der er kendt som begravelsesplads af forfatter og filosof Michel de Montaigne. Aquitaine Museum er beliggende tæt på Cathedral of St. Andrew.

I 2009 åbnede Museet nye haller, der afsættes til et så kompliceret emne i historie fra kolonitidens Frankrig som slaveri og menneskehandel. Bordeaux var den anden (efter Nantes havn i Europa ankom sorte slaver. Netop i Bordeaux blev leveret omkring 130 tusinde slaver. Museet viser dokumenter og andre artefakter, der fortæller om betingelserne for liv og arbejde af slaver, straf for de uroligheder, og flygter.

I øjeblikket område for Museet er mere end 5000 kvadratmeter, og indsamling af udstillinger, har omkring 70 tusinde enheder. Alle disse genstande, dokumenter, kunstværker repræsentere historie i den historiske region Aquitaine, og dens vigtigste by Bordeaux. De tidligste artefakter i denne samling dato tilbage til forhistorisk tidsalder, mange af de udstillede genstande er vidnesbyrd fra forskellige tider – Romersk, tidlig Kristne, Middelalderlige. Også i Museet kan man se udstillinger, der afsættes til den Maritime historie i Bordeaux, den art af befolkningerne i Afrika og Oceanien.